Науковий відділ підпорядковується проректору з наукової роботи університету І.М. Кліщу.
Важливим напрямком роботи наукового відділу університету є підготовка науково-педагогічних кадрів. Крім цього, в обов’язки відділу входять:
планування та контроль за виконанням науково-дослідних робіт;
інформаційне та методичне забезпечення дисертаційних робіт аспірантами та здобувачами;
координація роботи науково-дослідних лабораторій університету;
організація видання наукових праць; супровід та підтримка винахідництва і раціоналізаторства співробітниками університету;
розширення міжнародного співробітництва у сфері наукових інтересів;
упровадження результатів науково-дослідних робіт у практичну медицину.
З 2003 до 2013 р. окремим підрозділом університету функціонував відділ організації наукових форумів, який у різні роки очолювали : проф. С.І. Климнюк, доц. В.В. Франчук, проф. А.А. Гудима, доц. В.Д. Волошин. На сьогодні цю галузь роботи координує провідний фахівець з організації форумів Н.Т. Петришин.